刑事案件私了达成赔偿协议后能否撤案，需分情况而定。

对于自诉案件，根据《刑事诉讼法》规定，自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉。这类案件被害人有较大自主权，达成赔偿协议后可撤案。

而对于公诉案件，一般不能因私了和赔偿撤案。因为公诉案件侵害的不仅是被害人个人权益，更损害了社会公共利益和法律秩序。不过，在一些特定的轻微刑事案件中，如犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。此外，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失等方式获得被害人谅解，双方自愿和解的，公安机关可以向检察院提出从宽处理建议，检察院可以向法院提出从宽处罚建议。
对于一些轻微刑事案件，如故意伤害（轻伤）、侮辱、诽谤等属于自诉案件范畴的，若当事人达成和解，自诉人可以自行决定撤回起诉，司法机关不再干预。

但对于公诉案件，即便当事人私了，也不能自行撤案。因为公诉案件是由国家司法机关代表国家追究犯罪嫌疑人刑事责任，是否追究由司法机关决定。不过，如果犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定；若存在情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪等《刑事诉讼法》规定的情形，公安机关应当撤销案件。

所以，刑事案件私了不必然导致撤案，要根据案件性质和具体情况确定。